Địa bàn xã Nguyễn Huệ hiện nay trước đây vốn là hai xã Nguyễn Huệ và Trưng Vương thuộc huyện Hòa An.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập một số xóm thuộc hai xã Nguyễn Huệ và Trưng Vương.[3]

Trước khi sáp nhập, xã Nguyễn Huệ có diện tích 20,70 km², dân số là 1.820 người, mật độ dân số đạt 88 người/km², có 5 xóm: Án Lại, Công Án, Canh Biện, Nặm Loát, Nà Danh. Xã Trưng Vương có diện tích 22,73 km², dân số là 1.769 người, mật độ dân số đạt 78 người/km², có 5 xóm: Bản Cải, Cốc Phát, Lũng Cút, Lũng Quang, Thua Bó.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 864/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Cao Bằng (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[2]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Trưng Vương vào xã Nguyễn Huệ.